税務調査前に仕訳・元帳データを求められたら？
事前通知後の修正申告と加算税の注意点

公開日：2026年8月19日

税務調査の事前通知を受けた後、実地調査が始まる前に、税務署から 仕訳データや総勘定元帳などの提出を求められることがあります。 このページでは、データを提出する前に何を確認し、申告内容の誤りが見つかった場合に 修正申告とデータ提出の順序をどう考えるべきかを整理します。

さらに注意したいのが、データ提出前に申告内容の誤りが見つかった場合の 修正申告と過少申告加算税です。 「調査通知」「質問検査権の行使」「実地調査の開始」「更正予知」は、それぞれ別の概念です。 データをいつ、どの方法で提出したかだけで、加算税率が機械的に決まるわけではありません。

1．なぜ今、調査前に「仕訳データ」を求められるのか

背景にあるのが、国税庁が進める税務行政のデジタル・トランスフォーメーション（DX）です。 国税庁は、データやデジタル技術を活用し、課税・徴収事務の効率化・高度化を進めています。

こうした流れの中で、税務調査においても、申告書・決算書だけでなく、 電子的な帳簿や仕訳データを活用できる環境が整いつつあります。 電子データであれば、紙の帳簿と比較して、検索・抽出・集計などによる確認が容易になります。

2．2026年9月本格導入予定「KSK2」とは

KSKとは「国税総合管理システム」のことです。 現行KSKも、全国の国税局・税務署をネットワークで結び、 地域や税目を越えて情報を一元的に管理する国税行政の基幹システムです。

その次世代版がKSK2です。 国税庁はKSK2について、主に次の方向性を示しています。

KSK2で重要なのは「統合」したデータを「分析」すること

KSK2を単なる新しいコンピュータシステムと捉えるだけでは、その重要性を十分に理解できません。 国税庁が公表している次世代システムの構想では、 入力系 → 統合データベース → 活用系という構造が示され、 活用系にはBIツール、BAツール、プログラミング言語、AI等が掲げられています。

また、調査先など庁舎外からシステムへアクセスし、必要な情報を参照・活用できる方向も示されています。 つまり、税務行政は「情報を持つ」だけでなく、 統合したデータを分析し、調査その他の税務行政へ活用する方向へ進んでいます。

図解①を拡大して見る

3．税務調査で使われる「Expert1」とは

調査対象となった法人の会計データ分析という点で注目されるのが、 会計データ分析ツール「Expert1」です。

Expert1については、国税庁が一般向けに詳細な仕様を公表しているものではありません。 一方、情報公開により取得された東京国税局の内部会議資料では、 調査法人から取得した仕訳データを取り込み、データ分析を効率的に行う会計データ分析ツール としてExpert1の展開が記載されています。

重要なのは「決算書」ではなく「仕訳データ」を取り込む点

決算書に表示されるのは、「売上高」「外注費」「修繕費」など勘定科目ごとの集計結果です。 これに対して仕訳データには通常、取引日、勘定科目、相手科目、金額、取引先、摘要など、 個々の取引に関する情報が含まれます。

ただし、公開資料等で確認できるのは、 Expert1が「仕訳データを取り込み、データ分析を効率化する会計データ分析ツール」であるという範囲です。 Expert1自体がAIであること、具体的な異常判定アルゴリズム、KSK2との直接連携などは、 公表資料から確認できません。

4．データ提出を求められたら、まず確認したいこと

税務署から「会計データを提出してください」と言われても、 対象を曖昧にしたまま提出するのではなく、 何を、どの期間について、どの形式・方法で提出するよう求められているのか を確認します。

提出対象として考えられるもの

• 仕訳帳
• 総勘定元帳
• 補助元帳
• 固定資産台帳
• 売掛金・買掛金等の明細
• 請求書等
• CSVデータ
• PDFデータ

国税庁は、税務調査等で担当職員から提出を求められた調査関係書類について、 e-Taxを利用してPDF・CSV形式等で提出できる仕組みを設けています。

「電子データだから提出はすべて任意」とは限らない

帳簿書類等の提示・提出要求には、国税通則法上の質問検査権との関係があります。 したがって、「電子データだから提出するかどうかは完全に自由」と一律に整理することは適切ではありません。

一方で、提出を求められているデータの対象、範囲、期間、形式、提出方法について、 事実関係を確認し、必要に応じて調整すべき場面はあります。

5．データを送る「前」に申告内容を再確認する

事前通知後に仕訳・元帳を確認すると、 売上の計上漏れ、経費処理の誤り、資産計上すべき支出の費用処理など、 申告内容の問題に気付くことがあります。

修正申告を検討すべき事項が見つかった場合には、 現在の調査手続がどの段階にあるのかを確認した上で、 データ提出と修正申告の順序を検討することが重要です。

6．修正申告は「いつ」より「更正予知前か後か」が重要

過少申告加算税は、大きく3つの段階に分けて理解すると分かりやすくなります。

図解②を拡大して見る

7．「調査通知」「質問検査権」「実地調査の開始」「更正予知」を分けて考える

今回の論点では、次の4つを分けて理解する必要があります。

調査通知

過少申告加算税との関係でいう「調査通知」は、 ①実地の調査を行う旨、②調査対象となる税目、③調査対象となる期間 の3項目の通知を指します。 調査開始日時・場所等まで含む国税通則法74条の9の「事前通知」全体とは区別が必要です。

質問検査権の行使

調査上必要な質問をしたり、帳簿書類等の提示・提出を求めたりする行為です。

実地調査の開始

調査官が臨場するなどして、実際に実地の調査が開始した状態です。

更正予知

調査の具体的な進行状況や非違事項の指摘等を踏まえ、 修正申告が「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当するかを判断する問題です。

8．事前臨場とe-Tax提出では、何が違うのか

調査初日前に調査官が臨場して帳簿等を徴求した場合

情報公開により確認された国税庁課税総括課の 「税務調査手続等に関するFAQ（職員用）」（令和5年11月）問1－18では、 通知された「調査を開始する日時」より前に調査官が実際に臨場し、 帳簿等の一部を徴求する場合、その行為は質問検査権の行使に該当し、 実際に臨場して帳簿等を徴求した日時が「調査を開始する日時」となる という整理が示されています。

したがって、「正式に通知された調査初日は来週だから、今日はまだ調査前」と単純には考えられません。 ただし、それだけで自動的に「更正予知後」になるわけでもありません。

e-Tax等で事前にデータを提出した場合

同FAQ問1－18では、調査官が臨場せずe-Tax等で事前に帳簿等を徴求する場合について、 質問検査権の行使には該当するものの、実際の臨場を伴わないため実地の調査の開始には当たらず、 通知した「調査を開始する日時」の変更も必要ないと整理されています。

そのため、 「e-Taxで仕訳データを提出した瞬間から、修正申告の過少申告加算税は必ず10％になる」 と一律には判断できません。 提出内容、税務署とのやり取り、具体的な指摘の有無、調査の進行状況、 修正申告に至った経緯等を踏まえて、更正予知に該当するかを個別に検討します。

図解③を拡大して見る

ケース別に整理すると

※上表・上記カードは一般的な整理です。実際の取扱いは、個別の調査経過、指摘内容、修正申告の経緯等によって異なります。

9．税務署はここを見る

電子的な会計情報では、紙の帳簿と比較して、多数の取引を検索・抽出・集計しやすくなります。 そのため、データ提出前には、例えば次のような項目について申告書との整合性を確認しておきたいところです。

• 売上の計上時期
• 期末前後の仕訳
• 多額又は通常と異なる取引
• 修繕費と資産計上の区分
• 仮払金・仮受金
• 雑勘定
• 役員との取引
• 関係会社との取引
• 外注費
• 交際費
• 特定取引先との継続的な取引
• 摘要欄の内容

※上記は一般的な会計データ分析で確認可能な項目の例です。 「Expert1が上記項目を自動判定する」という意味ではありません。

10．税理士はここを見る

当事務所では、税務調査前にデータ提出要請を受けた場合、 「出す・出さない」だけで判断するものではないと考えています。

• 提出要請の根拠・趣旨
• 対象税目・対象年度
• 求められているデータの範囲
• PDF・CSV等のデータ形式
• 提出方法
• 対象外年度や不要な情報が混在していないか
• 申告書と元帳・仕訳データが整合しているか
• 問題となり得る仕訳がないか
• 修正申告を検討すべき事項がないか
• 現在が調査手続上どの段階にあるのか
• 更正予知・過少申告加算税との関係

11．セルフチェック｜データを提出する前に

• 調査対象となる税目を確認した
• 調査対象年度を確認した
• 提出を求められたデータの種類を確認した
• 提出対象期間を確認した
• PDF・CSV等の提出形式を確認した
• e-Tax等の提出方法を確認した
• 対象外年度・不要なデータが含まれていない
• 申告書と元帳の整合性を確認した
• 問題となり得る仕訳の有無を確認した
• 修正申告の必要性を検討した
• 現在が更正予知前か後かを検討した
• 税理士と提出方針を共有した

一つでも判断に迷う項目があれば、提出後ではなく、 提出前に確認することが重要です。

12．よくある質問

13．当事務所の考え方

税務調査のデジタル化が進んでも、税務調査対応の基本が変わるわけではありません。 必要な資料には適切に対応する一方で、 何を、どの範囲で、いつ、どの方法で提出するのかを整理することが重要です。

特に事前通知後に申告内容の誤りが見つかった場合には、 「とりあえずデータを提出して、その後で修正申告を考える」のではなく、 修正申告の要否と過少申告加算税への影響を含め、 提出前に対応方針を整理することが重要だと考えています。

14．まとめ｜重要なのは「データを送る前」

2026年9月にはKSK2の本格導入が予定されています。 国税庁は、税目・事務系統別のデータベースやアプリケーションを統合し、 システム上でデータを分析・活用する方向へ進んでいます。

法人税調査の現場でも、情報公開により取得された東京国税局内部資料から、 仕訳データを取り込んで分析を効率化するExpert1の展開が確認されています。

データ提出、修正申告、質問検査権、実地調査の開始、更正予知、過少申告加算税は、 それぞれ関連しますが同じ概念ではありません。 申告内容に疑問点が見つかった場合には、データ提出と修正申告の順序を含め、 早めに対応方針を整理することが重要です。

15．根拠・参考資料

※本記事は2026年8月19日時点で確認できる法令・国税庁公表資料・情報公開資料等を基に、 一般的な税務調査実務を整理したものです。 実際の加算税・更正予知・質問検査権等の判断は、個別の事実関係、調査経過、指摘内容等によって異なります。